องค์กรลึกลับที่รู้จักกันในชื่อ ลอร์ดออฟอัลเคมี่ เข้ายึดครองรัฐบาลญี่ปุ่นและทำให้เมืองโตเกียวตกอยู่ในความหวาดกลัวอย่างรุนแรง เมื่อเมืองพังทลาย กองทัพจึงหันไปหานินจามังกรในตำนาน ริว ฮายาบุสะ เพื่อช่วยเหลือพวกเขาในช่วงเวลาอันมืดมนนี้ ริวไม่รู้เลยว่าขณะที่เขาไปอยู่ที่โตเกียว ศาลเจ้าในหมู่บ้านของเขาจะถูกลอร์ดออฟอัลเคมี่เข้าซุ่มโจมตี พวกมันพยายามขโมยรูปปั้นมังกร ซึ่งเป็นโบราณวัตถุที่ว่ากันว่าสามารถเปิดประตูสู่โลกใต้พิภพได้ สมาชิกเกือบทุกคนของตระกูลฮายาบุสะถูกฆ่าตาย และศาลเจ้าของพวกเขาก็ถูกเผาจนวอด ที่เลวร้ายไปกว่านั้น เมื่อรูปปั้นมังกรถูกเปิดใช้ กองทัพปีศาจที่มุ่งมั่นจะสร้างความโกลาหลและทำลายล้างก็ถูกปลดปล่อยออกมาสู่โลกในที่สุด ริวถูกบังคับให้ชิงรูปปั้นกลับคืนมาในขณะที่ลักลอบเอามันออกจากญี่ปุ่น เขาจึงส่งพันธมิตรที่ซื่อสัตย์ของเขา ซึ่งเป็นนินจาหญิง คุโนอิจิอย่างคาสุมิ และโมมิจิไปยังโตเกียวเพื่อจัดการสถานการณ์ที่บ้านเกิด ขณะที่คาสุมิลุยเข้าไปในโตเกียวที่เต็มไปด้วยปีศาจ เธอก็ได้พบเห็นเมืองที่เสื่อมโทรมและวุ่นวาย เธอจะสามารถชำระล้างเมืองที่เน่าเปื่อยนี้ก่อนที่จะสายเกินไปได้หรือไม่ หรือเธอจะกลายเป็นเหยื่อไปเสียเอง?