โลกตกอยู่ในความโกลาหล แบ่งแยกเป็นทางตอนเหนือ และตอนใต้ หลังจากที่คาคามูระถูกทำลาย ดินแดนทั้งสองก็ต่อสู้กันเพื่อครอบครองโลก เมืองหลวงถือกำเนิดขึ้น เมืองหลวงหนึ่งอยู่ทางเหนือ อีกแห่งอยู่ทางใต้ พร้อมกับแต่งตั้งจักรพรรดิของตน ในยุคนี้ที่มีผู้คนที่ใช้ชีวิตเป็นชิโนบิ และนินจาอาศัยอยู่...