มีโรงเรียนแห่งหนึ่งที่นักเรียนจะได้เรียนรู้วิธีการล่ามอนสเตอร์ ในที่สุด ยูกิ เซย์ระ และฮิคารุก็สามารถเอาชนะวาร์มัส มอนสเตอร์ตัวนึงลงได้ แต่การต่อสู้ของพวกเขายังไม่สิ้นสุด ศัตรูตัวใหม่คืนชีพให้กับวาร์มัส และโคโทเนะ แถมอาจารย์ของพวกเขายังถูกลักพาตัวไป หลังจากนั้น เหล่านางเอกก็ถูกลักพาตัวไปทีละคน จุดประสงค์ของมันก็คือการให้พวกเธอให้กำเนิดลูกของเหล่ามอนสเตอร์